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In dieser Studie wurden anhand dreier Haflinger Subpopulationen aus Südtirol, Slowenien und Österreich die Aus-wirkungen des Umzüchtungsprozesses auf Genomebene mittels des hochdichten 670k SNP (Single Nucleotide Polymorphismen) Genotypisierungs-Array untersucht. Die Südtiroler Stichprobe repräsentierte den originalen Haflingertyp, die slowenische Haflingerstichprobe nahm eine Übergangsstellung bezüglich der Zuchtzieländerung ein, und die österreichische Stichprobe beinhaltete Zuchttiere, die dem gegenwärtigen modernen Typ entsprechen. In den Netzwerk-, FST- und Admixtureanalysen differenzierten sich die einzelnen Subpopulationen klar voneinander, wobei der Südtiroler Haflinger die größten genetischen Distanzen (FST von 7.1–7.3%) zu den anderen beiden Populationen aufwies. Diese Differenzierung wurde auch durch die Analyse der überlappenden Homozygotie-regionen (ROH Inseln) bestätigt, bei der 15 der insgesamt 19 ROH Inseln populationsspezifisch waren. Gemeinsame ROH Inseln wurden auf ECA3 und ECA7 identifiziert, die unter anderen, Gene beinhalteten, die mit Fellfarbe (MC1R) und Verhaltensmerkmalen (JPH3) zusammenhängen. Die Südtiroler und die slowenischen Haflinger hatten eine ROH Insel um den OCA2 Locus. Bei der Extraktion des mit Körpergröße assoziierten SNP am LCORL/NCAPG Locus waren 96%–100% aller Tiere homozygot für das mit kleiner Größe assoziierte Allel. In Bezug auf mit Widerristhöhe assoziierte SNPs, konnte beim österreichischen Haflinger eine Genotyp Verschiebung in Richtung größere Widerristhöhe nachgewiesen werden.

Artikel: Grilz-Seger G., Neuditschko M., Mesaric M., Cotman M., Brem G. und T. Druml (2019): Die Auswirkungen des Unzüchtungsprozesses auf das Haflinger Genom, in: Züchtungskunde 91, (4) S. 296–311.